Les plans d'eau et lagunages, qu'ils soient naturels ou artificiels, sont des écosystèmes très complexes dotés d'un équilibre instable. Il suffit qu'un facteur varie pour que l'ensemble soit déréglé.
Les apports en eau d'un étang peuvent amener de multiples causes de pollution, entraînant une eutrophisation progressive et souvent fatale à l'écosystème. Matières organiques, azotées ou phosphorées sont autant d'éléments qui vont participer à la pullulation des végétaux par suralimentation.
Ce développement démesuré se fait à la surface ce qui diminue la transparence des eaux. L'activité de la photosynthèse ne se fait alors que dans la couche supérieure, il y a perte d'échanges gazeux entre l'atmosphère et l'eau avec notamment une diminution globale de la teneur en oxygène dissous. Sans ce gaz, le milieu est condamné à mourir.